Den historiske periode i Egypten begyndte ved skiftet til det tredje og fjerde årtusinde før Kristi fødsel. Den ældgamle kulturelle tradition, der undergik indflydelse fra angribere og interne omvæltninger, varede indtil vedtagelsen af kristendommen i det fjerde århundrede e. Kr. I næsten tre og et halvt tusind år har listen og funktionerne af de egyptiske guder undergået betydelige ændringer. Egyptiske guder fik karakteristiske træk og navne for deres naboer - assyrere, hetittere, hyksos, hellenere.
Efter foreningen af Egypten under styret af en enkelt hersker gik mange guder fra individuelle regioner og stammer i landet ind i det fælles pantheon, men de fleste af dem blev kun æret i det miljø, hvor deres kult opstod. Nogle guder fik efterhånden en fælles egyptisk betydning. Gudinden Bastet, som har et kattehoved, voksede uden tvivl ud af en dyrkelse af katte som vogtere af kornreserver fra mus. Landbrug spillede en stor rolle i Egyptenrolle, i modsætning til for eksempel Hellas, der hovedsageligt steg på grund af handel og militære erobringer. Antropomorfe egyptiske guder blev ofte udstyret med hovedet af et dyr, på grundlag af den ære, som denne eller hin kult opstod. For eksempel havde guden Thoth hovedet af en ibis, gudinden Sokhmet (Sekhmet) havde hovedet af en løve, Anubis havde hovedet af en hund.
Efterhånden som visse områder af landet rejste sig, var der en ændring af dynastier eller "flytning" af hovedstaden til et nyt sted, ændrede de egyptiske guder i "det første lag" sig også. Et interessant træk ved den gamle egyptiske religion var tilstedeværelsen af et stort antal kosmogoniske myter (det vil sige versioner af verdens oprindelse), og i hver lokalitet spillede den lokale guddom hovedrollen i denne vanskelige sag.
Egyptiske guder i så stort antal, der blev grundlaget for lokal separatisme, var uden tvivl ikke nødvendige for et enkelt land. Desuden krævede talrige kulter udgifter til en stor mængde materielle ressourcer, som med langt større udbytte kunne bruges på landets indre ordning, på hærens vedligeholdelse o.s.v. Og med stor rigdom og indflydelse truede de præstelige klaner direkte faraos enemagt.
Alt taget i betragtning introducerer Farao Amenhotep IV, der tager navnet Akhenaton, dyrkelsen af en mindre regional guddom Aton (den guddommelige solskive) som en almindelig egyptisk religion. Men traditionens træghed var for stærk, og Akhenaton dør, før han fylder fyrre. Ifølge den mest overbevisende version var han detforgiftet. Sandt nok rørte forfølgelsen ikke familien, og hans kone (den berømte Nefertiti) forblev i live mange år efter sin mands død.
Efter den persiske og senere den hellenske overtagelse af landet, begynder de egyptiske guder og gudinder gradvist at miste deres tidligere indflydelse, falder i tilbagegang. De smelter sammen med angribernes guder. For eksempel blev Alexander den Store æret i Egypten som søn af Zeus-Amon, en synkretisk egyptisk-hellenistisk guddom.
Da de egyptiske guder, hvis navne havde både lokal og blandet oprindelse, begyndte at vige pladsen for en ny religion - kristendommen, begyndte glemslen af det gamle egyptiske skrift gradvist. Under kejser Konstantins regeringstid døde den sidste bærer af den egyptiske religiøse tradition, hvorefter navnene på de gamle egyptiske guder i mange århundreder kun var kendt fra græske og romerske historikeres skrifter. Men de stiftede begge bekendtskab med den egyptiske kultur på et tidspunkt, hvor den allerede var ved at aftage, og det er usandsynligt, at præsterne indviede fremmede (ofte aggressive) i deres religions hemmeligheder.
Forsøg på at tyde de gamle hieroglyffer blev gjort gentagne gange af både arabiske videnskabsmænd og europæere, men uden held. Og først i begyndelsen af det nittende århundrede lykkedes det den geniale sprogforsker Francois Champollion at finde nøglen til at tyde de egyptiske tekster. Fra det øjeblik begyndte den moderne æra med at studere historien og kulturen i det gamle Egypten.
